對新生兒來說，黃疸主要得分為生理性黃疸、母乳性黃疸以及病理性黃疸。對於生理性黃疸和母乳性黃疸，這是正常的生理反應，一般並不會影響到卡介苗注射。目前認為黃疸數值在足月兒不超過10-12mg/dl，早產兒一般不超過15mg/dl。如果沒有進行性加重的黃疸症狀，臨床上也沒有異常的表現，這多考慮是生理性黃疸，建議在黃疸數值低於8-10mg/dl時，可以考慮接種卡介苗，但是需要確認引起孩子黃疸高的原發病是什麼以後，再根據原發病確認能不能打疫苗，這時比較安全，不會造成臨床副作用。

對於病理性黃疸，黃疸的數值會出現明顯的升高，甚至可以達到20mg/dl以上，有出現膽紅素腦病的風險。因此此時需要及時針對原發疾病進行處理，有些需要通過藍光治療，而有些通過換血處理。在黃疸症狀控制以前，不能夠注射卡介苗等相關疫苗。