面肌痙攣根據患者臨床表現及無神經系統其他陽性體徵，診斷相對比較容易。但臨床上還應與下列疾病進行鑑別：
1、功能性眼瞼痙攣：多發生於中年婦女，多為雙側性表現為不自主的眼瞼抽動，不會累及顏面下不的面肌；
2、習慣性面肌抽動症：多發生於兒童及青少年，表現為面部肌肉收縮，有明顯的精神神經因素；
3、瞼痙攣-口下頜肌張力障礙綜合徵：多發生於老年婦女，表現為雙側眼瞼痙攣，伴有口、舌、面、下頜、喉及頸肌的肌張力障礙；
4、精神神經藥物所致的面肌運動障礙：如近期是否有奮乃靜、三氟拉嗪等藥物服用史。