臨床當中化膿性腦膜炎比較常見的致病菌是葡萄球菌，像金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌。葡萄球菌是革蘭氏陽性球菌，治療上要選用針對陽性球菌的抗生素，對假陽性金黃色葡萄球菌，要選用更加高級的抗生素，比如萬古黴素和利奈唑胺。

現在臨床當中隨著抗生素的使用，革蘭氏陰性桿菌感染的發生率越來越高，像大腸桿菌、綠膿桿菌、鮑曼不動桿菌和肺炎克雷伯桿菌等，陰性桿菌導致了化膿性腦膜炎的治療非常困難。

有些細菌對抗生素耐藥，很多抗生素不能有效殺死細菌，治療起來會非常棘手，患者可能最終由於不能有效的治療而出現嚴重的殘疾甚至死亡。

臨床當中對化膿性腦膜炎，首先要鑑別是哪一種類型的細菌感染，然後針對特定的細菌採取相應的藥物進行治療。