少數病毒引起的病毒性腦炎有特效藥物，如皰疹病毒，而大多數病毒引起的病毒性腦炎均無較好的特效藥物治療。臨床上治療病毒性腦炎，可使用抗病毒的針對性藥物，如皰疹病毒使用阿昔洛韋等藥物，還可採用靜脈輸注丙種球蛋白，少數患者還需使用激素聯合治療。

在療程結束以後，臨床症狀得到改善，腦脊液指標，影像學基本穩定，此時認為患者可以出院，出院以後不需要進行很多的鞏固治療，一般只需要使用改善症狀的對症處理藥物和神經保護劑進行治療。