病毒性腦炎的恢復，每個人情況不同。病毒引起炎症反應，對腦組織造成的損害程度不同，預後也不同。若病毒性腦炎隻影響少數腦組織或隻影響到腦膜，在臨床急性期只有頭暈、頭疼或發熱，無特別嚴重神經功能缺損，經過積極抗病毒治療或減輕炎症反應治療2-3周或出院後不再有其它神經功能缺損症狀，也不再復發，預後比較好，也恢復較快。

部分病人病毒損害較嚴重，在急性期有高熱、意識障礙、神經功能缺損也較嚴重以及癲癇發作，且病毒對腦細胞破壞較嚴重或神經細胞炎症反應和損傷、水腫都較嚴重，即使經過積極治療也會遺留後遺症。有些病人會出現神經功能損失、認知功能障礙或運動功能障礙，因此預後和自身病情有一定相關性。