細菌性腦脊髓膜炎用抗生素治療，腦裡有個特殊裝置叫血-腦屏障，給藥之後要進到腦內，需要通過血-腦屏障，所以在選抗生素時和治療肺炎或者其它部位炎症有不同之處，要選擇能透過血-腦屏障的藥物。

隨著抗生素的發展，抗生素副作用越來越小，肯定要選副作用小的藥物。傳統的氯黴素副作用比較大，儘管通過血-腦屏障能力稍好，但是由於對骨髓會有抑制，現在用的比較少，現在抗菌更多的是用三代頭孢。