支原體肺炎患者存在咳嗽、咳痰的症狀，肺部有幹囉音、溼囉音。輕症患者有時可以自愈，治療則以藥物治療為主。由於支原體沒有細胞壁，通常使用青黴素、頭孢菌素、β-內酰胺類抗生素對支原體肺炎並無治療作用。但阿奇黴素等大環內酯類抗生素，以及左氧氟沙星、莫西沙星等喹諾酮類抗生素對支原體肺炎治療有效。

衣原體肺炎的發病率相對較低，患者胸部影像學可以見到大片狀滲出影，治療及抗生素選擇與肺炎支原體並無區別。但病情有時較為兇險，患者會出現呼吸衰竭等併發症，所以需要維護患者臟器功能，比如糾正呼吸衰竭、電解質紊亂。