支原體肺炎屬於臨床比較常見的病，一般都可以痊癒，少數患者可能會出現肺不張的症狀。肺不張與肺部黏液分泌多且清除不佳有關，在兒童中較多見。有的兒童咳嗽能力不是很強或身體比較虛弱，咳嗽咳不好，痰在肺裡無法咳出，可能會引起肺不張。

另外，患者會出現較長時間咳嗽，氣道高敏感反應，可能是支原體感染之後引起氣道過敏，患有哮喘的患者出現這種情況會更加多見。有些患者還可能會出現肺外症狀，如關節痛，主要是因為身體產生抗體，抗體沉積在關節中引起關節炎症，甚至會引起非常嚴重的急性溶血。