重症支原體肺炎的後遺症包括兩個方面，具體如下：

1、會產生肺外的組織器官的損傷，包括心功能、腎功能的損傷，繼而引起腎臟損傷和心臟損傷的後遺症；

2、在治療過程中因治療時間比較長導致的肺內疾病的後遺症。如形成細支氣管炎或閉塞性細支氣管炎或肺不張等。

支原體肺炎的治療時間長，患者易出現以上併發症。為避免形成支原體肺炎的併發症，建議患者儘快到醫院就診，及時治療，減少患者治療的時間，從而減少併發症的產生。