通常情況下肺炎支原體經過2-3次潛伏期才會出現部分臨床症狀，但是1/3的病人並沒有任何臨床表現。肺炎支原體起病較為緩慢，發病初期可以表現為喉嚨痛、頭痛、發燒、乏力、肌肉痠痛、食慾減退、噁心、嘔吐等症狀。發燒一般不是高熱，而是中等程度發熱，2-3天后會出現呼吸道症狀，主要表現為陣發性、刺激性咳嗽，晚上睡覺時比較多見，咳嗽咳痰，痰液較少，表現為少量黏液膿性痰，有時會出現痰中帶血的症狀，部分病人也可表現為呼吸困難、胸痛，發燒一般持續2-3周，體溫正常以後可能還會有咳嗽表現，隨著時間推移，及時治療，症狀都會逐漸緩解。

一般情況下肺炎支原體感染的用藥療程相比於普通細菌感染的療程，時間要適當稍微延長，需要10-14天的療程。無論口服還是靜脈用藥，時間均需要適當延長。在臨床上如果碰到肺炎支原體感染，還要關注部分情況，比如夏天剛開空調，可能會需要關注此類情況存在，因為比較容易經過呼吸道吸入引起。