支原體肺炎咳嗽不好主要是以下幾個原因：

1、支原體感染後在呼吸道長期寄存，支原體黏附於上皮細胞後，既從宿主吸取自身需要的營養物質，又能逃避黏膜纖毛的清除和吞噬細胞的吞噬，還可以產生多種有毒物質，比如過氧化氫、過氧化物陰離子、毒素，造成上皮細胞損傷，使細胞發生腫脹、壞死、脫落，纖毛運動減弱甚至停止，最終導致細胞破壞。導致細胞上皮損傷，引起氣道高反應；

2、支原體感染後還可以釋放炎性介質，炎性介質可以導致咳嗽的遷延不愈，氣道有高反應，有的孩子會出現喘息，所以支原體肺炎感染之後可以誘發慢性咳嗽，甚至有的孩子可能會誘發哮喘；

3、支原體除了直接的損傷之外，還可以導致免疫功能的紊亂，所以導致氣道高反應，引起機體細胞體液免疫功能紊亂，所以會誘發慢性咳嗽，時間比較長。