橋本氏甲狀腺炎的治療週期差異較大，具體因人而異。輕度橋本氏甲狀腺炎患者治療一個階段後可完全停藥，抗體可恢復正常，甲功可恢復正常。但較重或病程長者需要長時間治療，部分橋本氏甲減甚至需要終身服藥。

因此治療時間尚無定論，需根據每個人病情輕重及病程長短決定。如果已經患橋本氏病，需要積極配合治療，可能促進康復，病程可能完全逆轉，恢復較快。如果不積極配合治療，遷延不愈，需要更大的藥物劑量，病情也會加重。