橋本氏甲狀腺炎即自身免疫性甲狀腺疾病，機體把甲狀腺當作抗原產生自身抗體。橋本氏甲狀腺炎其發病機制是甲狀腺組織逐漸被淋巴細胞所代替，最終發生甲狀腺功能減退症，所以在檢查時首先要查甲狀腺抗體，一般是甲狀腺球蛋白抗體、微粒體抗體升高，隨著病情逐漸發展到甲狀腺功能減退症，這時甲狀腺激素水平呈不同程度下降，促甲狀腺激素水平升高。

一般從抗體升高到發生甲狀腺功能減退症因人而異，時間長短不一，有些患者3-5年出現甲減，有些患者10年、8年，甚至終身都沒有發生。其在沒有出現甲減時只需追蹤抗體和甲狀腺功能，當發生甲狀腺功能減退症時，給予左甲狀腺激素替代治療，大多數患者都需要終身替代治療。