兒童類風溼病主要併發症是臟器的損傷，如心肺損傷時可能會出現心肌炎或者胸膜炎疾病，也可能會引起腎臟損傷。

當患者心肺損傷時，可能會出現心功能下降，比如心衰。肺臟方面損傷主要表現為間質性肺炎，嚴重者可以出現呼吸衰竭症狀。腎臟出現損傷可能表現為蛋白尿或者水腫症狀。臟器出現損傷時，嚴重者可能會危及生命，所以此病要引起患者的重視。