不能籠統判斷哪一種結締組織病最嚴重，結締組織病是風溼免疫科中非常重要的一類疾病，涉及到的疾病非常多，包括系統性紅斑狼瘡、系統性硬化症、肌炎、皮肌炎，以及系統性血管炎、類風溼關節炎等，均可累及到全身臟器，包括重要臟器受累。即使認為預後相對好的乾燥綜合徵，也可累及到神經系統，造成非常嚴重的後果。而對於較兇險的系統性紅斑狼瘡，也可僅累及皮膚黏膜。

診斷結締組織病後，需明確具體類型。如果不能指定為某種疾病，可定義為未分化的結締組織病。隨著病情進展，可分化為具體的疾病，且疾病相互間可能重疊。在明確診斷後，需進行臟器的評估，以及疾病活動度的評估。臟器的評估涉及到全身各個系統，從頭到腳均屬於評估範圍，如重要的臟器，尤其心血管系統、神經系統、肺臟、腎臟，均屬於影響到患者預後的重要臟器。因此，需對該疾病進行完整系統的評估，才能明確判斷預後。