肝癌並不都是乙肝引起，但與乙肝病毒感染有密切關係。同時還可與黃麴黴毒素、肝纖維化、長期接觸化學物質，如亞硝胺類、氯乙烯、苯酚、肝血吸蟲感染、吸菸等因素均有一定關係。

1、病毒性肝炎：乙肝病毒是肝癌病人的主要病因，乙肝病毒DNA序列和數組細胞的基因序列同時遭到破壞，或發生重疊整合，使癌基因激活和抑癌基因失活，從而發生細胞癌變；

2、黃麴黴毒素：流行病學研究發現，糧食受到黃麴黴毒素汙染嚴重的地區，肝癌發病率高，而黃麴黴毒素的代謝產物之一，黃麴黴毒素B1能通過影響RAS、P53等基因的表達，而引起肝癌的發生；

3、肝纖維化：常見的有病毒性肝炎，酒精性肝病，非酒精性脂肪肝後肝硬化等原因導致的肝硬化，是引起肝癌發生的重要危險因素；

4、其他高危因素：如長期接觸氯乙烯、亞硝胺類、苯酚等化學物質，同時若長期接觸血吸蟲、香菸中的尼古丁亞硝胺等，都是導致肝癌的風險因素，以上病因在肝細胞受損後的再生修復過程中，其生物學特徵逐漸變化，基因突變，增殖與凋亡失衡，各種致癌因素也可促使癌基因表達及抑癌基因受抑，慢性炎症和纖維化過程中的活躍血管增殖，為肝癌的發生發展創造了重要條件。