胰腺囊腫是良性疾病，病因目前尚未明確，如果做手術，可以達到治癒效果。該病和其它腫瘤不同，如低度惡性腫瘤、實性假乳頭狀瘤、漿液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤、IPMN均具有惡變風險，但胰腺囊腫是良性疾病，和肝臟囊腫相同，甚至與皮膚脂肪瘤的性質相同，通常終生都不會惡變，一旦取出，就可以達到根治的效果，因此可以治癒。

胰腺囊腫在治癒的基礎上可能會出現較嚴重的併發症，即胰瘻。胰瘻有時可能造成嚴重的後果，比如大創面胰瘻可能腐蝕局部組織，尤其是胰腺後方存在很多血管，一旦血管被腐蝕、破裂，可能因出現大出血導致致命性危害。