假性胰腺囊腫是由於急性胰腺炎或胰腺外傷導致胰液大量外溢，胰液被周圍大網膜等組織包裹形成。較大囊腫會引起周圍臟器壓迫症狀，如壓迫胃或十二指腸等，可導致胃不全梗阻，引起上腹部飽脹、不適，進食後加重伴噁心、嘔吐。胰頭部囊腫可壓迫膽總管，引起梗阻性黃疸，造成肝功能損害。胰體尾部較大囊腫可以壓迫腎臟或輸尿管引起梗阻。胰腺反覆炎症和囊腫壓迫還可以導致脾靜脈迴流不暢，產生繼發性脾大和脾功能亢進。

先天性胰腺囊腫臨床上比較罕見，也可以因為囊腫出現部位而引起假性胰腺囊腫相同臟器壓迫症狀。肝囊腫有癌變潛在風險；瀦留性囊腫由於胰管阻塞引起，發生部位多位於胰體尾部，其內壁襯覆胰管上皮，也可以因為反覆炎症出血而無上皮細胞。囊液可含有多種酶，有時不易與假性胰腺囊腫鑑別。除了壓迫鄰近器官引起症狀外，也存在癌變可能。