目前對於肝膽管細胞癌沒有最佳化療方案，分子靶向藥物尚未批准用於治療肝膽管細胞癌。但已有多項臨床研究證明，VEGF抑制劑在肝膽管細胞癌中的治療效果，如侖伐替尼抑制VEGFR、EGFR兩條通路，和免疫檢查點抑制劑聯合治療有望改善肝膽管細胞癌的預後。

手術聯合輔助治療是真正延長患者生存的關鍵，所以臨床上肝膽管細胞癌是採取以手術、放療、化療、靶向治療為主的綜合治療方案。