肝細胞癌和肝內膽管細胞癌的來源有所不同，二者在影像學上有相應的特徵，包括B超、CT、磁共振等，具體如下：

1、腫瘤標誌物：肝細胞肝癌的腫瘤標誌物中，以甲胎蛋白升高為主，而肝內膽管細胞癌的腫瘤標誌物中，甲胎蛋白不升高，單隻腫瘤標誌物CA199和CA125升高，部分腫瘤會合並CEA升高，通過腫瘤標誌物可鑑別具體為哪種肝癌；

2、病史：肝細胞肝癌多合併肝硬化，而肝內膽管細胞癌合併肝硬化可能較少。有乙肝、酒精肝的基礎上，易患肝細胞肝癌，而肝內膽管細胞癌有肝炎病史的較少；

3、症狀：症狀均為消化不良，但肝內膽管細胞癌沿膽管累及，出現黃疸的可能性較大，有形成癌栓的可能。肝細胞肝癌多以肝細胞累及為主，可侵犯到膽管，也會形成癌栓，但幾率較小。