並非所有肝內膽管結石均需手術治療，大部分無需手術處理，除非引起反覆膽道梗阻、膽道感染，才需進行手術，若不手術則膽道梗阻不能解除，膽汁流不出，會形成結石。此外，反覆感染會引起發熱，甚至引起全身感染。膽管結石由於炎症反覆刺激而導致肝內膽管癌變，如膽管細胞型肝癌，也建議積極手術治療。如果僅發現肝內膽管單髮結石，通常無需處理，也很難處理。

以前均為開放性手術切肝，現在隨著外科技術的提高，通過微創手術打幾個洞即可解決。但在有手術適應證的情況下，手術還是存在一定難度。肝內膽管結石手術要比其它手術，甚至比部分腫瘤手術還要困難，因為肝葉萎縮之後都有轉位等解剖的變異，故需找大中心有經驗的醫生做。