肝內膽管結石一般不會引起右上腹隱痛，右上腹隱痛常見於多髮結石造成的膽管堵塞或膽管狹窄、反覆膽道感染，同時還伴有畏寒、發熱。尤其肝內膽管結石掉入膽總管時，會誘發急性化膿性膽管炎，甚至引起胰腺炎，疼痛非常劇烈。只有通過腹腔鏡手術或ERCP手術解除梗阻後疼痛才能緩解。

靜止性肝內膽管結石沒有造成梗阻、膽管擴張、反覆感染，因此也不會出現疼痛，對生活不會造成任何影響。