肝內膽管結石引起的疼痛主要在肝區附近，通常較小的肝內膽管結石，並不會引起明顯疼痛。只有當結石較大，阻塞膽管後，由於膽管劇烈收縮，可能會引起膽道痙攣性疼痛，通常位於上腹正中，或者上腹偏右的位置。如果疼痛比較嚴重，可以向右肩背部放射。除疼痛外，患者可能還會存在皮膚鞏膜黃染、發熱等全身多個器官、系統的表現。

當肝內膽管結石患者出現腹痛時，需注意和其它疾病加以鑑別，主要需要和胃腸道某些疾病進行鑑別，如潰瘍、胃腸炎、胃痙攣等。如果存在上述疾病，通常有進食生冷、不易消化食物的誘因，而且這種疼痛通常位於上腹，或肚臍附近，通過局部按壓或理療，可以使胃腸道疼痛有一定程度的緩解。胃腸道疼痛通常不伴有發熱和肝功能異常，因此臨床上需要結合患者疼痛的具體位置、伴隨症狀進行綜合判斷，是否為肝內膽管結石導致的疼痛。