肝內膽管結石根據病情嚴重程度不同，治療方案存在較大差別：

1、相對較輕的肝內膽管結石患者，結石未阻塞膽管，不存在肝功能異常和膽管擴張等問題，此時無需特殊處理，只要定期複查肝臟影像和肝功能即可，生活上應注意規律進食、均衡膳食；

2、若結石阻塞膽管，出現明顯的肝功能異常或肝萎縮等問題，此時均建議儘早進行手術處理。

根據結石的位置以及造成的影響不同，可以選擇經肝門部膽管切開取石，或切除部分肝組織進行治療。通常病灶較侷限，不存在明顯膽道狹窄，又沒有肝萎縮的患者，可以考慮進行取石治療，但取石治療存在殘餘結石比例高、術後複發率高的問題。對於明顯膽道狹窄和肝萎縮，甚至可疑肝內膽管癌的患者，均應選擇部分肝切除進行治療，極少數嚴重肝內膽管結石的患者，可能出現嚴重肝硬化、肝功能失代償，需要考慮通過肝移植進行治療。