臨床上治療肝內膽管結石，常用的藥物主要包括膽寧片、消炎利膽片、優思弗，這些藥物對於部分患有膽固醇結石的患者具有一定效果，可以促進結石順膽汁排出體外。但是絕大部分肝內膽管結石患者，不容易將結石順利排除體外，因為肝內膽管結石體積較小，膽管的末端直徑較細，單純通過藥物治療並不能夠使所有的結石通過末端狹窄的膽管。

大部分肝內膽管結石患者並沒有明顯臨床症狀，也不會造成肝功能損傷，引起患者出現腹痛、腹脹、噁心等相關的表現，所以絕大部分肝內膽管結石的患者可通過定期複查彩超的方法，密切觀察病情，不需要過度的進行藥物治療。

過度的服用藥物會加重肝臟和腎臟功能負擔，引起嚴重的損傷。如果患者的肝內膽管結石確實屬於多發，造成了肝臟萎縮，肝功能損傷較嚴重，此時單純通過藥物治療也不會取得較好的效果，可以通過手術切除部分肝組織，達到清除肝內膽管結石的效果。