臨床上應該是指肝內膽管結石和肝外膽管結石的區別，肝內膽管結石是指左右肝管匯合部以上的膽管發生結石，而肝外膽管結石是指左右肝管匯合部以下的膽管發生結石，包括肝總管和膽總管。對於肝內膽管結石來說，大部分沒有症狀，少部分患者可能具有膽管炎症狀，比如腹痛、發燒，還有膽汁淤積引起的膽道梗阻、黃疸症狀。

肝內膽管結石和肝外膽管結石的治療截然不同，肝外膽管結石主要通過ERCP或者外科手術進行治療，而肝內膽管結石通過ERCP無法處理，需要外科手術進行膽腸吻合、肝葉切除。另外，瀰漫性肝內膽管結石，最後還可能需要做肝移植治療。