多數肝內膽管結石手術不用切肝。如果結石侷限在肝門膽管或者某一肝段、肝葉膽管中，經肝門膽管切開以後，使用膽道鏡進入擴張的膽管，把結石取出，可以保住正常肝組織。因為切肝本身有手術創傷，而且患者肝組織缺失對預後有影響，因此此時儘量避免切除肝臟。

但是，有些結石在很深的肝實質內，或者侷限在比較大的肝段或者肝葉膽管，肝臟有明顯萎縮，此時需要切除部分肝組織，才能將膽管顯露出來，將結石取出。