肝內膽管結石，顧名思義是一種結石，主要是膽汁中含有的膽紅素，在代謝過程中析出的結晶。肝內膽管結石與膽總管結石形成原因相似，可能在膽紅素結晶析出以後，逐漸下移到肝內膽管或者是膽總管，通常是先形成肝內膽管結石較為常見。

膽紅素結石與膽囊結石的形成過程不同，膽囊結石一般是由膽固醇引起的結石，而肝內膽管結石形成過程會更加緩慢，在處理時相對比較被動，膽囊結石相對比較容易處理。