對於肝鈣化灶首先需要明確病變性質，屬於單純鈣化灶、肝內膽管結石，或因為有腫瘤鈣化之後鈣化灶的表現。如果是單純鈣化灶，則無需進行特殊治療，定期觀察隨訪即可，也是最多見的一種情況。

肝內膽管結石在臨床中較為常見，也分為很多種情況。如果是單純肝內膽管結石，無任何症狀，未引起肝臟萎縮，沒有引發任何不適，如腹痛、發燒、黃疸表現，通常也可以繼續觀察。但如果引起肝葉的萎縮，建議通過手術把部分肝臟切除，因為長時間炎症刺激會導致肝內膽管癌的發生。還有一種情況是腫瘤發生鈣化，這種情況下是有實質性佔位存在，如果明確診斷一定需要積極進行手術。而對於肝內鈣化灶則需要根據鈣化灶性質做出判斷，多數是單純鈣化，此時則無需進行手術處理。