若肝內膽管結石合併膽道狹窄、肝萎縮、膽管癌、肝膿腫、膽道出血，可考慮行肝切除，將長有結石的部分肝臟切除，才能將結石徹底切除。若肝內結石較少位置處於肝內較細的膽管，可利用膽道鏡在肝外膽管做切口，將肝內結石取出。若存在膽石、殘石，術後可利用膽道鏡通過竇道，將殘石取出或利用藥物進行化石，但效果不顯著。另外，減少飲酒及高脂飲食，可以降低肝內膽固醇和膽汁濃度，可以抑制結石形成，或進一步生長。

肝內膽管結石較為高發，治療較為困難，因為結石存在肝內，從肝臟表面無法觀察，所以從肝臟外將結石取出較為困難。一般肝內結石單發且無合併肝外膽管和膽囊結石，通過手術較難清除。因為小結石而切除肝臟手術創傷面較大，因此無症狀膽管結石可以不治療，觀察隨訪即可。