肝膽管結石手術時間很難判斷，簡單肝膽管結石手術時間僅需不到1小時，而複雜的肝膽管結石手術時間需要5-6小時，甚至一次手術無法完全根治，需多次手術才能完成。相比肝內膽管結石，大部分肝外膽管結石治療比較簡單，可通過膽總管切開膽道鏡取石或者內鏡ERCP方式進行，手術花費時間相對較短。少部分肝外膽管結石合併膽管下段狹窄者需行膽腸內引流手術，時間會相應增加。

而肝內膽管結石較為複雜，不僅存在結石，而且還會造成病變膽管狹窄，甚至引起肝臟萎縮和癌變。這時手術方式不是單純取出結石，還應注意解除狹窄、通暢引流，必要時通過切除部分肝臟才能達到治療目的，造成手術時間明顯延長。而對於肝內廣泛結石患者，有時需要分次進行手術。所以肝內膽管結石患者，需根據手術方式和規模才能確定大概時間。