肝膽管結石微創碎石主要是指膽道術後肝內膽管殘餘結石行膽道鏡取石。不同級別醫院，不同地區醫院收費標準不同，通常3000-4000元左右。部分複雜型肝膽管結石患者因為各種原因無法行手術治療，也可經脾、經肝膽道鏡取石，一次約7000-8000元。不同地區、不同級別醫院收費標準不一樣，沿海比內陸收費稍高。

另外，肝膽管結石患者行手術治療後，肝內膽管結石殘留幾率較高，部分結石較大，無法用膽道鏡下取石網籃直接取出，需要用液電或者等離子碎石治療，結石較多可能需要多次治療。