肝內膽管結石引起腹部疼痛是多種原因所致結果，具體如下：

1、肝內膽管結石可以直接壓迫膽管內壁，刺激膽管壁引起痙攣，導致膽管炎性狹窄，膽道壓力升高，使患者出現上腹部疼痛不適；

2、膽道炎性狹窄基礎上可以造成膽汁引流不暢，加重膽道感染，反覆膽道感染又會加重膽管炎性狹窄，導致膽道壓力指數升高，患者會出現上腹部持續性疼痛；

3、長期結石刺激、炎症以及膽汁中致癌物質可以導致肝內膽管癌變，使患者出現癌性疼痛。

針對不同原因造成疼痛，可以選擇不同的治療策略。如果患者是炎症造成疼痛，可以選用敏感抗菌藥物控制感染，同時通過手術取盡結石，解除狹窄，通暢引流；如果已經出現癌變，則患者應通過手術根治性切除病灶，達到緩解疼痛目的。