肝內膽管結石的手術方式，主要視其有無解剖異常而定。如果有解剖異常，比如肝內膽管結石合併有肝內膽管狹窄，且狹窄很明顯，侷限在一側肝葉，這時候肝內膽管結石的手術方式是進行肝部分切除，即在狹窄段內進行肝葉切除。如果肝內外膽管結石在手術前通過核磁檢查，證實沒有肝內膽管狹窄，這時手術方式比較簡單，只需放置一個T管在膽總管，手術後再用碎石機結合膽道鏡，進行碎石處理，把肝內膽管結石中每一個分支的膽管結石都粉末化，使其從自然腔道排出，以上都是肝內膽管結石的手術方式。且肝內膽管結石也可採取做微創手術等，但是手術要注意以下原則：第一原則是取淨結石；第二原則是通暢引流；第三原則是解除梗阻。