肝內膽管結石手術後複發率是比較高的，複發率＞10%。肝內膽管結石是否復發，主要根據肝內膽管狹窄的處理方式、處理是否有效而定。如果肝內外膽管及狹窄沒有進行合適、有效地處理，則肯定會復發。解除肝內膽管狹窄是防止肝內膽管結石復發的最重要舉措。另外，肝內膽管結石如果狹窄侷限於一側肝葉，手術時應將狹窄病變部位膽管連同肝臟一部分切除，如果肝內膽管結石狹窄不是很嚴重，是一種比較瀰漫的情況，可以用膽道鏡合併球囊擴張術，把膽道每個分支的膽管都擴張，再取淨結石。取淨結石和解除狹窄是治療肝內膽管結石、防止復發的必備條件。如果做不到這兩條，肝內膽管結石肯定會復發。