肝內膽管結石能否做微創手術，主要視醫院的條件、手術者的經驗、疾病的特點等而定。肝內膽管結石治療的最根本原則是，無論開放手術或者腹腔鏡微創手術，肝內膽管結石手術必須滿足兩個條件，即能否解除梗阻和能否取淨結石。如果手術者能做到這兩條，該治療應該是很成功的。但無論採用哪種方式，必須解除梗阻，取淨結石。

肝內膽管結石微創手術，包括腹腔鏡肝葉切除、腹腔鏡膽總管探查、T管引流術，及非手術類的治療。最近有人提出，對於侷限於某一側肝葉的病人，可以進行PTCS的操作，即通過經皮肝臟穿刺，形成一個造瘻口，再應用鈥激光的作用碎石處理。即利用光導纖維順著造瘻口，對肝內膽管結石進行碎石處理。該手術方式目前在國內屬於探索階段，很不成熟，而且只能應用於一側肝管結石，通常是左側。