肝吸蟲病的治療原則與其它傳染病相同，早發現、早治療。如果僅發現肝吸蟲抗體陽性不給予藥物治療，通常反覆多次，尤其用集卵法找到蟲卵才進行治療。重症或有其它心腦血管併發症，年紀較大，且無其它家人能在服藥期間照看者，要求住院治療。治療之前，因吃魚生、蝦生感染的患者，殺蟲治療前，需進行顱腦平掃，排除腦內、眼睛其它寄生蟲病，如豬肉絛蟲，再進行殺蟲。目前常用藥物為吡喹酮，治癒率較高。另外，史克腸蟲清也可以選用，治癒率較吡喹酮差。