膽總管手術後，很多患者出現消化道的不適症狀，身體需要適應，短則幾個月，長則0.5-1年。患者通過正常的生活調整，輔助使用藥物通常能夠度過。建議術後禁油膩，少食多餐不可暴飲暴食，以免引起腸道的逆蠕動和膽汁的異常分泌。若患者進食後出現胃脹和消化道不良的表現，可通過物理熱敷、按摩，幫助腸道功能逐漸恢復。若出現非常嚴重的胃脹和腹痛症狀，需警惕吻合口或腸道出現其他病理性改變的可能，應立即到醫院就診。

膽總管手術切除膨大的膽總管，將腸道和膽管進行吻合，膽汁通過膽腸吻合口直接排入腸道，解決膽總管囊腫的問題。但由於腸道蠕動和生理路徑發生變化，患者會出現胃脹、消化不良、腹瀉或噁心、燒心的症狀。腸液逆蠕動較強時會反流到肝臟的膽道系統內，導致患者出現發燒、肝區疼痛等症狀。