ERCP用於治療肝膽和胰腺疾病，主要適應症是肝外膽管結石，外科手術誤傷膽道之後引起的膽瘻，或者外科膽囊切除後，部分膽囊結石掉入膽管內部。另外，還有急性膽源性胰腺炎或者膽道狹窄需要做擴張以及支架置入，以及阻塞性黃疸，如膽管癌、胰頭癌、十二指腸乳頭癌等，而且還包括胰管結石、胰管狹窄等，上述是最常見的適應症。而較少見的適應症，包括外傷引起膽管、胰管的損傷，也可以進行ERCP的治療。隨著醫療器械的發展，現在用Spyglass系統，即在十二指腸鏡裡面再套一個膽道鏡，可以把膽道鏡放入到膽管內部，可以更明顯的觀察膽管裡面的病變，如懷疑內部有無腫瘤，可以進行活檢。以前的ERCP無法做到，對於較大的結石，還可以進行鈥激光碎石。