一般而言，大多數人對於面肌痙攣、面癱和三叉神經痛這三種疾病可能分不太清，繼而容易將其混淆、誤判。雖然這都是腦神經系統功能性疾病，但這是三種不同的疾病，其中面肌痙攣與面癱、面肌痙攣與三叉神經痛最易混淆。

1、面肌痙攣與面癱：面肌痙攣和麵癱雖說都是面神經的功能出現問題，但發病機制完全不一樣，因此面肌痙攣一般不會直接導致面癱。面神經主要是支配面部肌肉運動的神經，如果出現炎症、水腫、供血不足，面神經傳導障礙，沒法繼續支配相應的面肌正常工作，面肌運動不起來，就會出現眼歪嘴斜等症狀，這就是面癱；如果面神經受到周圍血管的侵犯，血管搏動，神經也跟著發放異常衝動，面神經功能亢進或者短路，支配面肌異常運動，這就是面肌痙攣了。總之，面癱是面部肌肉運動功能的障礙，面肌痙攣是肌肉陣發性的抽動。

2、面肌痙攣與三叉神經痛：這也是很容易混淆的兩種疾病，掌管面肌痙攣的是面神經，掌管三叉神經痛的是三叉神經。面神經和三叉神經雖然都掌管面部肌肉，但前者管面肌的運動，後者管面部的感覺，也就是說面肌痙攣是運動神經，三叉神經痛是感覺神經。比如冷熱、觸覺、痛覺等，都是由三叉神經來傳導的。如果三叉神經受到損傷或者壓迫，臉部會出現麻木感；如果受到刺激，就會產生刺痛感，這就是三叉神經痛。而面肌痙攣患者症狀發作之時的情況，患者面部肌肉開始出現頻繁性的跳動，且大多從眼輪匝肌開始，並逐漸發展到整個半側面部，到後期因為影響、壓迫到眼部，視力也會逐漸下降。