生殖細胞腫瘤通常會發生在人體的生殖腺上面，如男性睪丸會出現生殖細胞腫瘤，女性卵巢也會出現生殖細胞腫瘤，但在腦子中也會有生殖細胞腫瘤，即腦生殖細胞瘤。人體發源於受精卵細胞，無論是精子，還是卵子，都屬於人體的生殖細胞，在人體不斷髮育過程中，生殖細胞會逐漸退縮。如果腦子中有少量生殖細胞殘留，此類殘留為後期形成生殖細胞瘤做好了細胞學的鋪墊和準備。

因此，腦子裡面的生殖細胞瘤，來源於人體的生殖細胞，在胚胎髮育過程中的殘留，通常是一種惡性程度較高的腫瘤。成熟性的畸胎瘤惡性程度較低，為良性腫瘤，不成熟的畸胎瘤以及胚胎性腫瘤，惡性程度較高，手術治療效果差，生存時間短。