腫瘤治療的原則是早發現、早治療，一般治療效果較好。腦生殖細胞腫瘤治療效果非常好，通常3cm的腦生殖細胞腫瘤可以治癒。而3cm的腫瘤是否比2cm的腫瘤治療療效差，比4cm的腫瘤治療療效好，在臨床上尚無定論。

一旦確診為腦生殖細胞腫瘤，臨床上會先給予2個療程的化療。如果治療效果較好，腫瘤會在2個療程後消失。只要是單純的腦生殖細胞腫瘤，5年總治癒率可以達到95%以上，預後非常理想。