新生兒腦水腫的臨床表現與成人有所不同，嬰幼兒常不能自述頭痛，多表現為煩躁不安，尖聲哭叫，甚至拍打頭部。嬰兒因前囟未閉和顱骨縫裂開，所以頭痛都不如成人嚴重。

第二點主要是噴射性嘔吐，顱高壓刺激第四腦室底部及延髓的嘔吐中樞，而引及噴射性嘔吐，與飲食無關，清晨較重。頭部的體徵上主要有以下表現，前囟膨隆緊脹、骨縫裂開、頭圍增大、頭面部淺表靜脈怒張、破壺音陽性等體徵，為亞急性或慢性代償機制，與嬰幼兒顱骨骨縫尚未完全閉合、顱骨骨質軟及有一定彈性有關，這種代償抵制常使早期症狀不典型。

還有意識障礙，由顱內高壓引起大腦皮質的廣泛損害及腦幹網狀結構損傷，使嬰兒發生程度不等的障礙，躁動或者狂躁，如果不能及時控制腦水腫，意識障礙迅速加深而進入昏迷狀態。