吞嚥障礙可以是嚴重顱腦損傷、吞嚥中樞出現病變導致吞嚥反射各方面功能障礙，不能自主進食。主要症狀表現為進食後出現明顯嗆咳，食物放在嘴裡不能自主吞嚥等。吞嚥障礙患者訓練治療需先進行相應評估，瞭解吞嚥障礙特點、障礙程度、吞嚥反射存不存在、唇舌運動情況。吞嚥評估後進行針對性治療，如果是嚴重顱腦損傷，針對顱腦損傷本身的基礎性康復包括神經營養藥物應用、早期高壓氧治療、直接針對顱腦早期的電刺激如重複經顱磁、直流電，均為早期基礎性康復。

對於吞嚥障礙本身需進行吞嚥方面訓練，需保持體位，吞嚥障礙患兒需要正確的抱姿，保持好的體位，避免出現誤咽、誤吸問題，需更換食物種類，如在吞嚥後進行詳細評估，如果孩子目前只能進食果肉狀食物就不能吃固體食物，進行吞嚥評估後給出詳細進食方案。訓練後會定一口量，即現在目前功能狀態下最大一口可以吃多少，可能是1mL、2mL或非常少，這時要保證安全進食。吞嚥訓練專業的是吞嚥電刺激治療，直接針對吞嚥相關肌群進行電刺激治療，訓練刺激吞嚥反射出現，促進自主吞嚥功能恢復。對於急性損傷病人出現吞嚥功能障礙，如果能在早期即在急性損害2周內，很好進行早期吞嚥的綜合康復干預治療，大部分孩子可以得到很好恢復。