顱骨骨瘤的手術時間要根據生長部位以及大小決定，部分顱骨骨瘤向外生長，稱為顱骨外板骨瘤，此種腫瘤的手術相對較為簡單，手術在1個小時內可完成。

部分顱骨骨瘤向內生長，可通過內板向顱內生長，甚至壓迫神經系統，導致患者出現偏癱、失語等神經功能障礙，此種腫瘤的手術時間較長，可達到3-4個小時。如果是長在脊柱的腫瘤，手術時間會更長，術後要進行脊柱固定，此種手術所需時間可能為5-6個小時。