顱骨修補手術存在一定風險，顱骨修補手術一般流程為原來皮膚切口消毒後打開，暴露顱骨缺損範圍並進行修補。手術過程中最關鍵部分是進行皮膚和腦組織分離，存在以下風險：

1、分離過程中可能存在一定出血；

2、分離過程中由於缺損硬膜導致腦組織暴露，導致腦脊液漏；

3、最嚴重是存在一定腦組織損傷，該情況下容易導致腦組織損傷後相關部位併發症。

目前隨技術進步，併發症逐漸減少。所以顱骨缺損修補術後併發症相對較少，屬於較成熟手術技術。顱骨缺損修補手術常見併發症是顱內感染、傷口感染，術後易出現修補部位炎症，此時需要清除原來缺損修補組織。對於顱內感染需要積極抗炎治療，經過抗炎治療患者能夠痊癒出院。