頭部手術的後遺症需根據病情的具體情況而定，在當前顯微神經外科技術的發展下，患者術後的併發症已較少。術前已經昏迷或位於腦重要部位的腫瘤，或對重要血管、神經有包繞或有侵犯的腫瘤，術後可能會留有一定併發症，包括偏癱、偏身感覺障礙、失語、肢體麻木、昏迷等。

重症的患者、術前可能已經昏迷的患者或嚴重的腦損傷患者，術後可能出現長期昏迷甚至植物生存。植物生存可能出現各種併發症，如肺部感染、泌尿系感染、壓瘡、肢體肌肉的廢用性萎縮等。對於常見的腫瘤患者，術後併發症越來越低，大部分顱腦腫瘤患者開顱後，不會有嚴重併發症，絕大多數患者可以恢復到正常人狀態。