臨床上判斷腦死亡的先決條件應該是自主呼吸消失，自主呼吸消失不單是通過肉眼觀察沒有胸廓和腹部呼吸等動作，要有呼吸激發試驗，是非常重要的。腦死亡包括腦幹在內的全腦功能喪失的一種不可逆的過程，腦死亡有別於植物狀態。植物狀態是腦幹的功能存在，昏迷只是由於大腦皮層的功能受到突然的損害或者全面抑制的一種狀態，患者可以有自主呼吸，心跳和腦幹反射都可以存在。而腦死亡一定沒有自主呼吸，而且是不可逆的。所有可能引起全腦缺血、缺氧的改變都可能會引起腦死亡，比如常見的腦出血、重度顱腦損傷、大面積的腦梗死等。

診斷腦死亡的先決條件要明確昏迷的原因，而且要排除可逆性的昏迷。臨床上出現深昏迷、腦幹反射消失、自主呼吸消失，三者缺一不可，之後需進行確證試驗，包括腦幹誘發電位、TCD、腦電圖等，三個確證試驗當中需要有兩個確證試驗存在。如果確證試驗存在後，12小時之後應該再次進行確認試驗，如果12小時後再次判斷仍然是這種情況，可以判定為腦死亡。