腦膿腫手術切除最好時期是在腦膿腫成熟後，患者生命體徵均正常，體溫不太高，沒有明顯頭痛，患者各項指標都很正常的時候可以切除腦膿腫，因為腦膿腫在比較侷限時切除最為合適。

腦膿腫患者往往合併其它部位感染，要控制其它部位感染後才能切除腦膿腫。比如合併中耳炎的患者，應當在中耳炎得到一定處理後再切除腦膿腫，如果中耳炎不進行處理，腦膿腫切除術後可能會發生第二次腦膿腫，所以一定要去除感染後再切除腦膿腫。