腦膿腫的形成過程大致可分為三個階段，即分為三期，具體如下：

1、炎性反應期：細菌進入腦組織之後，在細菌周圍有大量中性粒細胞浸潤和滲出性反應，以及腦組織的水腫反應；

2、膿腫形成期：隨著炎症逐漸擴大，炎症的中間出現壞死，也就是化膿期。壞死的範圍逐漸擴大，中間形成了膿腫；

3、包膜形成期：在膿腫形成之後，膿腫周圍會形成炎性的反應性的增生，形成一個包裹，也就是包膜形成期。

在臨床上很多患者在就診時，或者到外科進行處理的時候，多是處於包膜形成期的階段。對於包膜形成期的腦膿腫，可以通過膿腫穿刺抽吸，加上強有力的抗生素治療加以控制。對於一些體積比較大，包膜比較厚的腦膿腫，特別是位於腦組織比較表淺部位的腦膿腫，也可以通過神經外科手術的方式將膿腫整體摘除，而實現徹底治癒膿腫的目的。